Menanggapi beberapa pertanyaan terkait alur manuscript (naskah/ artikel/ makalah) dalam Seminar Nasional MIPA 2016, berikut adalah penjelasan singkat panitia terhadap hal tersebut.
1. Author (penulis/ pemakalah) melakukan submit abstrak (bisa langsung submit full paper),
2. Reviewer (panitia) melakukan review berdasarkan naskah yang telah disubmit,
3. Author melakukan revisi berdasarkan masukan,
4. Author memaparkan makalah dalam sesi sidang paralel (5 November 2016),
5. Author mensubmit full paper yang telah diseminarkan dan telah direvisi melalui sistem pada bagian 'REVISI' (selambatnya 12 November 2016),
6. Panitia mensubmitkan manuscript ke OJS jurnal yang relevan/ prosiding online ber-ISBN (13 November 2016),
7. Reviewer (dari editor/ reviewer jurnal terkait) melakukan review dengan OJS masing-masing jurnal,
8. Sesuai dengan jadwal, Mei 2017 adalah batas akhir Accepted Paper dan Publish Online Prosiding.
Pada tahun 2015, DIKTI telah mendorong perguruan tinggi untuk melakukan proses pengelolaan jurnal dan terbitan ilmiah secara daring. Berdasarkan hal tersebut, Panitia Seminar Nasional MIPA tahun 2016 telah memutuskan untuk mempublish artikel yang disubmit ke sistem di jurnal online terkait atau dalam prosiding yang dipublikasikan secara online. Panitia tidak melayani prosiding dalam bentuk hardcopy. Jika author menginginkan prosiding atau jurnal dalam bentuk hardcopy, Panitia menyarankan agar setelah terbit daring, author dapat mencetak artikel mandiri.